Descripción: Se realiza la identificación de mircroorganismos de suelo como indicadores de calidad, a través de la determinación molecular de Hongos Micorrícicos Arbusculares (HMA-ITS2 ó SSU), hongos en general (marcador ITS2) y/o bacterias (marcador 16S). Se analiza y evalúa la calidad biológica del suelo y se brinda asesoramiento sobre posibilidades de mejoramiento de esa calidad.
Metodología:
1-Recepción de muestras.
2-Análisis molecular de hongos y bacterias:
*Extracción de ADN de muestras de suelo/raíces con kit de extracción (PowerSoil-Qiagen) *Cuantificación de ADN (Biospec Nano)
*Secuenciación de alto rendimiento con tecnología illumina para estudios metagenómicos (INTA Hurlingham). Equipo Mise, corridas paired-end 2 x 250 ciclos. Bacterias 16S (V3-V4) y Hongos ITS2 (ITS3Kyo2-ITS4).
*Análisis bioinformático (limpieza de primers, remoción de quimeras, análisis de calidad, ensamblado de secuencias, demultiplex)
*Análisis filogenético (alineamiento, selección de modelos evolutivos, construcción de árboles filogenéticos y de distancia). Optativo
*Análisis ecológico de diversidad alfa (Riqueza, equitatividad, índices de diversidad) y beta (disimilitud de Bray-Curtis, Sorensen, análisis de ordenamiento, etc). Optativo 3-Elaboración de un informe final con los resultados obtenidos.
Prestaciones: Identificación de mircroorganismos de suelo como indicadores de calidad.
Equipamiento: Centrífuga de mesa, marca: Eppendorf, modelo: 5415R.
Sectores productivos: Productores agrícolas, instituciones públicas y privadas.
Responsables técnicos: URCELAY, ROBERTO CARLOS – GRILLI, GABRIEL – COFRE, MARIA NOELIA.