El área de BIOPLAGUICIDAS está subdividida en dos sub-áreas: a) Productos naturales para el control de insectos plagas de la agricultura y b) Productos naturales para el control de microorganismos plagas de la agricultura.
El objetivo general de esta área de BIOPLAGUICIDAS es lograr una agricultura sustentable a través del empleo de bioplaguicidas desarrollados a partir de productos naturales. De los productos naturales, el grupo ha puesto énfasis en el uso de los aceites esenciales. También se ha desarrollado tecnología a partir de los resultados académicos que han dado forma a dos patentes tecnológicas, una aprobada y otra en consideración. A partir de convenios internacionales dentro de la subárea de productos naturales antimicrobianos se ha generado una línea de biocontrol utilizando micovirus. Un tema que agrupa o integra a las dos subáreas, es el estudio de las interacciones biológicas y nuevos metabolitos que se generan a partir de ellas, para su utilización en el manejo de las plagas de interés agropecuario.