El Herbario (su sigla internacional es CORD) alberga aproximadamente 420.000 ejemplares de plantas argentinas, americanas y de otros continentes, entre las que se encuentran unos 4.289 tipos nomenclaturales. Se trata de la institución botánica más antigua del país, pues su fundación data del año 1870, cuando los primeros botánicos llegaron a la Argentina procedentes de Alemania para incorporarse a la Academia Nacional de Ciencias. Se ingresan nuevas colecciones, se intercambian ejemplares con otras instituciones del mundo a través de las modalidades de préstamos, donaciones y canjes. El Museo desarrolla una tarea sostenida de montaje de los ejemplares para su adecuada conservación y fácil consulta. También se lleva adelante una tarea de digitalización de la colecciones para permitir la consulta remota.
Desde el punto de vista florístico, se trabaja para Flora Argentina con el tratamiento de la Familia Solanáceas y con la Flora de la Sierra del Famatina (La Rioja).
Se desarrollan tareas de formación de recursos humanos en temas de relevamientos de biodiversidad, técnicas de herbarios y administración de colecciones.